L’Institut Catalunya Àfrica va signar el 11 desembre 2007 un conveni marc amb l’Associació Catalana d’Universitats Públiques (ACUP) que agrupa les onze universitats públiques de Catalunya i d’altra banda té signat un conveni amb la Universitat Ramon Llull. Aquests acords han de deixar la porta oberta a vies de finançament externes tant públiques com privades. D’aquesta manera l’Institut es converteix en un paraigua de la cooperació universitària catalana amb Àfrica.

També ha signat altres convenis directament amb algunes universitats africanes, entre elles, la Universitat de Guinea Equatorial (UNGE) i la Universitat de Lomé (Togo), la Universitat Eduardo Modlane (Maputo), la Universitat de Yaoundé I (Camerun), la Universitat de Dakar (UCAD) i la Universitat d’Antananarivo (Madagascar).

De forma periòdica l’Institut renova la signatura d’un conveni de col·laboració amb el Banc de Santander que permet a l’Institut tenir una mínima infraestructura per al seu normal funcionament.