El Institut Catalunya África firmó el 11 de diciembre del 2007 un convenio marco con la Associació Catalana d’Universitats Públicas (ACUP) que agrupa a las once universidades públicas de Catalunya y por otra parte tiene firmado un convenio con la Universidad Ramón Llull. Estos acuerdos tienen que dejar la puerta abierta a vías de financiación externas tanto públicas como privadas. De esta manera el Institut se convierte en un paraguas de la cooperación universitaria catalana con África.

También ha firmado otros convenios directamente con algunas Universidades africanas, entre ellas, la Universidad de Guinea Ecuatorial (UNGE) y la Universidad de Lomé ( Togo), la Universidad Eduardo Modlane (Maputo), la Universidad de Yaoundé I (Camerun), la Universidad de Dakar (UCAD) i la Universidad de Antananarivo (Madagascar).

De forma periodica el Institut renova la firma de un convenio de colaboración con el Banco de Santander que permite al Instituto tener una mínima infraestructura para su normal funcionamiento.