El Institut Catalunya África firmó el 11 de diciembre del 2007 un convenio marco con la Associació Catalana d’Universitats Públicas (ACUP) que agrupa a las once universidades públicas de Catalunya y por otra parte tiene firmado un convenio con la Universidad Ramón Llull (URL), Universitat de Barcelona (UB), Universitat Pompeu Fabra (UPF). Estos acuerdos tienen que dejar la puerta abierta a vías de financiación externas tanto públicas como privadas. De esta manera el Institut se convierte en un paraguas de la cooperación universitaria catalana con África. Además de su estrecha colaboración la Universidad Complutense de Madrid (UCM) y la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria (ULPGC).

También ha firmado otros convenios directamente con algunas Universidades africanas, entre ellas, la Universidad de Guinea Ecuatorial (UNGE) y la Universidad de Lomé (Togo), la Universidad Eduardo Modlane (Maputo), la Universidad de Yaoundé I (Camerún), la Universidad de Dakar (UCAD) i la Universidad de Antananarivo (Madagascar).

Desde 2010 mantiene una relación de colaboración con dos entidades catalanas de la sociedad civil, para realizar sus actividades sociales y las reuniones de su Junta de Gobierno, Comité de Honor, Consejo Asesor (creado el 4 de noviembre de 2014), Comité Académico, Consejo Universitario y Comité Científico (para cada proyecto específico). Estas instituciones son el Círculo Ecuestre y el Reial Cercle Artístic de Barcelona.